近年来设施种植辣椒面积不断扩大，部分设施辣椒连作最长年限达10年以上，一般来说连作3年以上就会出现土壤肥力降低、土传病害（疫病、根腐病）加重情况，即表现出连茬障碍。那么，选择连作种植辣椒，为克服连茬障碍，需要注意以下几点：
1、选用适宜当地种植、耐病能力较强及受市场欢迎的品种，当然也可以考虑嫁接栽培。
2、土壤深翻消毒。深翻可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，可有效减轻连茬障碍。
3、高温闷棚。种植前密闭大棚，采用40℃以上高温闷棚15天后或用石灰氮等药剂土壤消毒，再用生物菌肥土壤处理。温室通风并揭去地膜晾晒一个星期，再施肥整地。
4、撒施石灰，连作会使土壤酸化加重，要对棚内土壤进行一次pH值检测，当pH值5.5时，翻地时每亩可施石灰50-100公斤，提高pH值，对土壤病菌也有杀灭作用。
5、科学施肥，增施有机肥，提高土壤肥效及畜肥能力；合理施用氮磷钾，注意补充钙、硼等中微量元素，有助于提高蔬菜产量和品质。有条件可以采用滴灌模式，提高水肥利用率，有效防止土传病害传播。
6、在辣椒定植前用多菌灵对大棚、土壤进行喷雾处理，定植时用苯甲·嘧菌酯浸泡根系，定植后7天可用精甲霜灵·锰锌混霜霉威盐酸盐灌根1次。在以后的管理中，还要注意养护辣椒根系，浇水时不能大水漫灌，可冲施生根养根的肥料等。
7、连茬障碍严重的田块，建议轮作，水旱轮作最好，亦可与十字花科蔬菜轮作。
在我们江西辣椒种植区，种植户总结出一些对克服连作障碍较为有效的防治方法，如乐平地区的土壤消毒-地膜覆盖-高温闷棚模式、萍乡地区的水旱轮作和土壤消毒、高安地区播撒生石灰和翻埋轮作十字花科蔬菜等均有很好的防治效果。
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